يعمل الجهاز المناعي وفق نظامين مناعيين:الجهاز المناعي الفطري أو الطبيعي (innate immunity)والجهاز المناعي المكتسب (acquired immunity ,adaptive immunity). هذين النظامين المناعيين يختلفان عن بعضهما في الجوهر لكنها مترابطان مع بعضها ويعملان بتعاون وتنسيق مع بعضهما فكل واحد من هذين النظامين يعمل وفق آليات مختلفة تقوم بتنشيط وزياد نجاعة رد الفعل المناعي للنظام المناعي الآخر.أكثر من ذلك هذين النظامين مرتبطين ببعضهما إذ أن عدة مركبات من الجهاز المناعي الفطري حيوية لنجاعة إداء المناعة المكتسبة والعكس صحيح. هذا الترابط يسمح للجسم التعامل بنجاعة مع الممرضات.يعتبرالجهاز المناعي الفطري خط الدفاع الأول الذي يحمي الجسم من الممرضات منذ التعرض للمستضد وحتى بدء عمل المناعة المكتسبة.نظام المناعة الفطرية الغير متخصص يستطيع في الغالب بقواه الذاتية إبعاد الميكروبات الدقيقة والجسيمات الغريبة التي تغزو الجسم.يقوم جهاز المناعة المكتسبة بزيادة نجاعة القدرة المناعية سيما حين تصبح المناعة الفطرية غير فعالة وتنجح الممرضات في التملص منها
